科学杂志《 》已经进行了改造。 从封闭式到开放式，该期刊现在都采用开放式科学实践，旨在实现真正的可重复研究。

这说明了这种转变是如何发生的。

开放科学是实现可重复研究所需的实践的集合。 也就是说，可重复性验证是目标，开放科学是实现该目标的有效途径。 通过公开提供描述实验的所有材料，我们使其他人可以对该实验进行独立的验证。 一些传统期刊采用开放科学实践，旨在改善可重复性记录。 一种是自然方法。

早在1869年11月4日，《自然》就出版了 。 从那时起，该期刊已发展成为被视为顶级资源。 有趣的是，早在1864年，就在今天一直是一个令人关注的问题（第一期的一篇文章对此进行了说明）。 然后，在发表科学论文14年后，发生了 。 公众发现 ，作为对这一启示的回应，一些《自然》杂志开始采用政策，要求作者共享其代码和数据。

我想到了 ：“对话很便宜，请告诉我代码。”

《自然方法》（Nature Methods）杂志采用了这一新的“道德准则”，并在其的撰写并包括了新的原则：

“出版的固有原则是，其他人应该能够复制并建立在作者已发表的主张之上。因此，《自然》杂志上发表的条件是要求作者Swift向读者提供材料，数据和相关协议根据要求。”

科学研究的软件工具是帮助科学家和研究人员创建可重复工作的另一个重要因素。 在2007年，《自然方法》 ：

“作为新方法的一部分而定制开发的软件对于该方法的实现与试剂和协议一样重要。此类软件或底层算法必须在发布时提供给读者。”

“如果软件程序是该报告的重点，我们希望可以提供该编程代码。没有这些代码，该软件（以及论文）将成为科学界很少使用的黑匣子。”

“一些支持软件高度透明和共享的作者选择在开源环境中开发程序。 通过这样做，作者不仅提供了可访问性和透明度，而且还使社区可以依靠自己的开发并对该工具进行不断的改进。”

最近，今年《自然方法》 Nature Methods） 关于他们采用开放科学实践的动机：

通过发布代码和设计支持可重复研究的软件，可以提高计算方法的实用性。”

这些策略的应用已经对整个科学界共享的代码量产生了影响，但是显然，还有许多工作要做。

“自2007年以来，我们已经发布了133条文章以及随附的补充软件文件，其中大约70％包含了源代码。尽管许多研究人员明确地接受了在发布时发布代码的想法-从而提高了其可用性，可重复性和影响力。工作，更多的人可以这样做。”

知道要完成的工作量以及具有前瞻性的思维方式，Nature Methods接受了用于代码管理的现代工具。

“ Nature Methods强烈鼓励研究人员利用GitHub等代码存储库提供的机会来改进软件工具，然后再提交。使用存储库还可以通过简化和公开代码修订来改善同行评审。 ”

更开放的科学的源代码还不够，我们还必须实现构建和运行代码的方法。

“但是，当使用该软件获取新的生物学结果进行发布时，甚至代码发布也不足够。几乎所有软件都具有用户定义的参数，可以或必须将其调整为数据特征或分析目标。这些参数值应与这样的做法即使在实验室进行工作时也有助于确保可重复性。”

使研究和科学更具可重复性的另一个关键方法是定期测试软件的实践：

“不稳定的代码无法提供一致的输出也会损害可重复性。在这里，良好的软件编码实践的应用，例如单元测试和自动构建，可以帮助确保代码更改不会产生意料之外的后果，从而不会改变从标准输入获得的输出。 ”

《自然方法》（Nature Methods）在2014年发表的社论在此结尾：

“支持可重复研究的开放式实施，不仅使人们对一种方法的性能充满信心，而且还增加了其他研究人员可以使用和建立该方法的可能性。”

《自然方法》（Nature Methods）今年在一篇中提供了有关科学软件出版的更具体的指南。

我们需要更多受人尊敬的传统期刊，对其原则进行修改，使其更加开放。 通过明确说明这些步骤，《自然方法》使其作者易于遵循，科学家易于理解以及他人可以效仿，从而轻松地接受现代科学研究。 谁是下一个？

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